經過"九五"幾年的棉花基地建設，新疆已經具備了棉花種植面積１００萬公頃、產量１５０萬噸的生產
但最近兩年來，新疆棉花產業受到了來自國內外的沖擊。今年由于非典疫情影響，中國紡織品市場相對萎縮，對新疆棉花產業產生的負面影響不小。而當地農業結構的調整又使畜牧業、林果園藝業作為新的經濟增長點在新疆異軍突起。
自治區農業廳主管棉花工作的副廳長白曉說，新疆將采取措施扶優扶強棉花產業，逐步實現棉花布局區域化、生產專業化、質量標準化和經營產業化，推進棉花生產由數量增長型向質量效益型轉變，滿足紡織工業多元化的需求，以保障新疆作為中國棉花主產區的優勢地位。
據了解，新疆將通過優化棉花生態布局，實行"一地一種"和"一場一種"，防止棉花品種混雜和退化，實現棉花品種區域種植；棉花種植要在短期內徹底從次宜棉區、風險棉區退出。此外，新疆還要強化品種管理，推廣優良品種，實行統一供種，未經批準使用的棉種一律不得播種。
一些先進適用的科學技術也將在新疆棉區廣泛推廣。畝產１５０公斤的高產栽培技術、節水技術、科學施肥等先進科技將被用于棉田以降低新疆棉的生產成本，提高植棉效益和棉花整體質量，確保新疆棉在國內外市場的占有率。
白曉認為，新疆下一個重點植棉技術應放在棉花膜下微孔軟管滴灌技術的推廣上，通過這一技術與棉花高密度栽培模式的有機結合，使新疆植棉技術再上一個新臺階，也使棉農收入更加穩定。
新疆是典型的灌溉農業區，土壤含沙較大，滲漏嚴重，耕地中鹽漬化面積占三成以上。近幾年新疆生產建設兵團通過發展節水灌溉使棉花產量有了大幅度提高，畝增產棉花２０－３０公斤，取得了良好的經濟收益。作為全國最大的商品棉基地，新疆推廣節水灌溉新技術迫在眉睫。
新疆具備得天獨厚的光、熱、水、土條件，與國內其他棉區相比，宜棉區域廣闊，種植業結構調整空間大，宜農后備土地資源豐富，具備大規模棉花生產的條件。新疆獨特的棉花生產環境和栽培技術，又使新疆具有發展多類型優質棉的潛力優勢。經過多年的植棉實踐，新疆已經發展了一套適應新疆干旱半干旱棉區的綜合生產模式，擁有一批長期從事棉花產前、產中和產后相關技術研究的科技人員，擁有比較完善的農業技術推廣機構和大量具有實踐經驗的農技推廣人員和廣大植棉戶。
上個世紀９０年代后期，國家非常重視新疆棉區的發展，在棉花生產、流通中給予新疆一些優惠政策，支持新疆棉區的快速發展，實現了中國棉花生產宏觀布局的西移，使新疆棉花產業具備了大發展的基本條件。
