在后整理工藝生產抗菌非織造材料時，最需要注意的就是抗菌劑的選擇。抗菌整理中所用到的抗菌劑要求對不受歡迎的微生物有選擇活性，抗菌效果佳，無耐藥性，耐洗滌，耐消毒和滅菌處理等。
另外，大多非織造抗菌產品都是用于醫療、醫藥產品和個人衛生產品等方面，因此要求對皮膚無刺激性、無毒性、不產生致病物質等。單從抗菌抑菌效果來講，無機抗菌劑特別是銀系抗菌劑的效果最好，有機抗菌劑要差些。
同時，由于抗菌劑的組成和分子結構不一樣，對整理方法的適應性也不盡相同，因此，在工藝選擇方面也十分有講究：應用無機類抗菌劑限制條件比較少，應用有機抗菌劑時就應該注意溫度、pH值等對抗菌劑性能的影響。比如有的抗菌劑在高溫或PH值不同時失效或者抑菌效果降低。
此外，幾種工藝同時進行時各種助劑間的匹配原則也十分重要。在對同一非織造材料進行多種功能整理時要注意各種助劑間的匹配原則，避免互相影響而降低效果。如同預進行抗菌和染色整理時，就要考慮到粘合劑、涂料、滲透劑、消泡劑等助劑間的拮抗作用和對抗菌劑抗菌效果的影響，以避免出現陰離子型助劑和陽離子型助劑同浴產生沉淀和各種助劑搭配不合理導致抗菌效果降低等情況。
根據設備的不同和產品用途的不同，采用后整理方法加工非織造抗菌材料還有其他的方法，如對抗菌效果要求不太高的產品可以采用噴灑抗菌劑的方法，對于單面抗菌材料可以采用單面涂層工藝，而消毒濕巾生產則等采取直接浸漬的方法等等。
