酶是生物體產生的蛋白質，任何生物體都會分泌出各種各樣的酶以滿足自身生理需求。有些酶可以在實驗室中進行復制生產，甚至可以進行一定的改造。酵素水洗的優勢之一便是利用酶的這種天然性，可在水循環中自我降解。并且酶洗滌產品的清潔力遠勝于其他洗滌產品，用量上可大大減少。
不同類型的污漬需要不同種類的酶，但原理都是將污漬分解成小分子，之后用清水或傳統的肥皂就可以洗凈。淀粉酶可以去除衣物上的淀粉類污漬，蛋白酶可以將蛋白質污漬分解，脂肪酶處理油脂類污漬特別有效，而纖維素酶則可以有效的處理大部分污漬。同時酵素水洗也非常適合運用于柔軟面料。
對于高檔面料，酵素水洗再合適不過，特別是對于絲綢等不耐高溫需低溫洗滌的面料，因為酶在低溫下依舊有很強的洗滌效果。許多天然洗滌產品中的成分中都含有酶，以保證其在任何溫度下對任何污漬都有效。
廠商如果想讓自己生產的服裝有做舊等效果，也要用到酵素水洗，特別是在牛仔行業。纖維素酶是最常用的，它可以分解牛仔中的靛藍染料，以達到做舊效果。在這個過程中，酶不會損害到織物強度，但同時可以使牛仔布更加柔軟，穿起來更加舒服。酵素水洗與石洗不同，它不會在衣物上留下痕跡。有些酵素水洗產品在出廠銷售前會貼上“經酵素水洗”的標簽。
