棉花目標價格補貼試點政策未來的調整方向要綜合考慮試點政策效果、市場主體反應、地方政府對政策的認可、我國棉花的競爭力及新疆地區的特殊區情等多種因素。從未來發展看，內地棉區由于棉花生產機械化推廣困難等原因，生產規模將呈不斷萎縮態勢，我國棉花生產的重點將集中在新疆。在這種競爭力較低和產業區域布局發展趨勢看，對新疆地區棉花生產實行支持政策非常必要。
通過對試點政策執行情況分析，棉花目標價格補貼試點政策實行后市場形成價格機制基本建立，糾正了市場扭曲，理順了產業上下游利益分配格局，縮小了國內外棉花價差，提高了國內紡織業的競爭力，激發了產業鏈各市場主體的活力。農民利益得到一定程度的保護，充分發揮了穩定棉花生產的作用。同時，相比臨時收儲政策，將“暗補”改為“明補”，提高了補貼效率，減少了社會福利損失。
從棉花目標價格補貼試點政策啟動以來，新疆比較認可，在政策實施中投入了大量的人力、物力和財力，并建立了目標價格改革信息平臺和相關配套措施，為政策實施奠定了良好的基礎，也為其他地方、其他品種探索農產品價格形成機制改革積累了較好的經驗。
新疆少數民族占比較大，廣大棉農文化程度普遍不高，特別是南疆地區(新疆南疆四地州少數民族人口占總人口的比例為90%以上)，理解和接受一項政策極為不易。目標價格實行兩年來，地方政府和廣大棉農對政策認識比較到位，對于政策細節已較為了解，因此當前對于政策本身和整體框架不宜頻繁變動。
另外，根據2015年年初農業部棉花全產業鏈市場監測預警體系對701戶新疆地區棉農、21家紡織企業和55家加工企業的滿意度調查看，對棉花目標價格補貼試點政策的滿意度分別達到86.4%、100%和46%(本次調查時間為2015年;相對于臨時收儲政策，加工企業對于目標價格政策滿意度低是正常的，因為在目標價格政策下，加工企業需要直接面對市場承擔市場風險)。
我國是世界第一大棉花消費國，擁有成熟的棉紡織產業基礎和強大的紡織加工能力。近兩年年均棉花消費量約700萬噸，占全球棉花消費量的30%左右。據業內專家估計，我國棉花供給總量的65%用于滿足國內需求，35%以紡織品形式出口后用于滿足國際市場的需求。對于這樣一個紡織品服裝生產和出口大國，保持一定的棉花原料自給率十分重要。
但相對于其他主產國，我國棉花生產規模較小、生產成本高、勞動生產率和資源產出率較低，棉花競爭力不強。2014年，我國畝均棉花生產成本達到2278.6元，分別是美國的3.2倍和印度的4.2倍。從我國棉花生產的區域格局看，近些年黃河流域、長江流域由于人工成本高、棉花效益低，棉花生產規模快速萎縮(2015年內地黃河流域和長江流域棉區棉花播種面積和產量占全國總量的49.9%和37.5%)。
新疆地處邊境，經濟發展相對落后，棉花產業在新疆經濟和社會發展中占有舉足輕重的地位，棉花產值約占農業產值的一半左右。全疆50%的農戶種植棉花，70%以上為少數民族，植棉收入占農民人均純收入的35%左右，特別是南疆90%以上的縣種植棉花，植棉收入是當地少數民族群眾重要的收入來源。
盡管從政策本身看，目標價格政策并不承擔社會穩定等目標和義務，但從實際看它確實一定程度上承擔了保障就業、保障新疆尤其是南疆地區農民收入的使命和任務。從當前的社會穩定、民族團結等角度出發，不宜貿然取消補貼政策。
