日本有機棉協會（以下簡稱JOCA）已廢除自身的認證體系，并且為國內生產的產品也按照全球有機紡織品標準協會“純棉”和“混紡”的兩個質量標簽字樣標示。
JOCA在過去僅按照自己的標準對產品進行認證，拒絕GOTS。同時他們也提供自用的標示。但隨著國際化的要求，日本JOCA越來越不適應國際市場的要求，而國際權威認證機構GOTS頒發日益深入人心，GOTS已擁有相當的世界地位。此GOTS的核心就在于能確保有機紡織品從收獲原材料、通過環保和符合企業社會責任方式生產，以及到最后產品包裝貼標的規范性，以確保給終端消費者帶來可信賴的產品。
日本所有原棉都依賴進口，JOCA一再強調要注明出產國。同時，它也負責從紡紗、紡織、印染、漂洗等全程監控。然而，近幾年來，全球紡織品認證發生了一些改變，包括JOCA和GOTS協議，全球認證標準及認證機構也在發生變化，所有公司均需按照最高認證標準。現在許多跨國公司已通過GOTS的檢查和認證。
隨著農業領域有機認證的不斷國際化，全球對紡織業的認證標準、認證活動及認證機構也愈來愈嚴格。在過去，日本JOCA曾多次使用自己的標準認證，由此，他們并不屬于第三方認證，難以獲得國際認可，卻將GOTS拒之門外。JOCA曾保證只向成員公司提交認證文件，這些公司通常是其供應鏈，未經現場檢驗，因此產品是否符合標準受到國際市場的質疑。迄今為止，GOTS認證標準已真正被日本JOCA采納，JOCA則是日本GOTS的官方認證商。
JOCA也將向子公司提供認證標示，促進并提倡有機棉及其產品在日本市場的推廣，培訓并支持公司獲取GOTS認證。JOCA標準曾由日本民間制定和執行，并不具備法律約束力，因此日本企業可在控制成本與執行標準之間進行選擇，因此這就造成實際生產的產品參差不齊。
