試點政策實行兩年多來，取得了較好的效果。市場形成價格機制基本建立，市場主體市場意識明顯增強，農民利益得到了一定程度的保護，財政資金補貼效率提升。考慮到棉花目標價格補貼試點政策效果較好、市場主體滿意度較高、地方政府對政策比較認可、新疆特殊區情等多方面因素，建議繼續在新疆地區實行棉花目標價格補貼政策。對于存在的問題需要通過調整目標價格定價機制、完善補貼方案等逐步解決。
一是市場形成價格機制基本建立。實行目標價格補貼試點政策以來，國內棉花價格快速下跌，國內外價格聯動性進一步增強，國內外棉花價差快速縮小，內外價差回歸至合理區間，產業競爭力提升，棉花進口大幅下降。2014年5月-2016年3月，1%關稅下進口棉價格指數M級(相當于國內3128B級棉花)每噸與國內棉價差距從3236元下降到809元，降75%。市場主體適應市場能力明顯增強，市場倒逼機制逐漸形成，棉農、加工企業等市場主體積極捕捉和理解市場信號，并開始適應和調整。此外，為配合棉花目標價格改革實行的在庫公檢制度，堵住了棉花質量管理中的漏洞，改善了市場環境，規范了市場秩序，而且徹底解決了多年來新疆棉花生產底數不清的老大難問題。
二是農民利益得到一定程度的保護。2014年實行目標價格以來由于全球及國內經濟增長乏力，棉花供給偏大需求不足，國內外棉花價格持續下行，棉農售棉收入明顯下降。但由于有國家補貼，較好地彌補了棉農的市場損失。2014、2015年新疆棉農(地方)得到的補貼平均每畝約444.0元和497.5元，加上目標價格補貼新疆農民每畝植棉凈利潤分別為164.4元和89.5元(現金收入分別為581.4元和509.5元)，在國內外棉花價格持續低迷期能夠做到植棉不虧本、有效益。
三是提高了補貼效率，減少了社會福利損失。相比臨時收儲政策，目標價格補貼政策將間接的“暗補”調整為直接的“明補”，減少了補貼環節，降低了補貼額度，提高了補貼效率。截至2013/14年度收儲結束，我國棉花儲備庫存超過1200萬噸，庫存的賬面成本達2000億元左右。按照目前棉花現貨價格水平，再考慮自然的降等降級，潛在的價差虧損在750億元左右。另外，還得支出保管費用和貸款利息。按照每噸儲備棉每年200元的保管費用(中央財政分別按中儲棉直屬庫200元/噸、代儲庫每年180元/噸的標準進行補助)、1200元的貸款利息補貼測算，每年庫存管理補貼支出160億元左右。實行目標價格后，與臨時收儲政策相比，當年就直接節省了63億元的保管和利息費用(按2014年度新疆實際產量450萬噸、每年每噸1400元的保管利息費用計算)。
1.補貼金額超過我國入世承諾。按照WTO規則，我國實行的目標價格補貼屬于“黃箱補貼”，其補貼額度受到微量允許上限約束。按照入世承諾，我國特定品種“黃箱”補貼額不得超過該品種當年總產值的8.5%。從實踐看，連續兩年棉花目標價格補貼試點政策補貼額度都受到了補貼上限的約束。如果未來不采取措施規避將有可能引發其他成員國質疑并引發貿易爭端。
2.政策預期不穩定。2014年實行棉花目標價格補貼試點政策以來，新疆做了大量的工作，紡織企業、加工企業、農民等市場主體對于目標價格補貼政策已基本理解和接受，對于何時補、補給誰、怎么補、補多少等政策細節已較為了解，政策實施的群眾基礎較好。但由于目標價格補貼政策仍然屬于試點，試點結束后是否繼續實行擬或是否會有大的調整市場主體都心存疑惑，迫切希望明確未來的政策走向。
3.目標價格制定標準不明確且變動太頻繁。根據政策設計，目標價格水平是按照“成本+基本收益”的方法確定，在試點期一年一變。但從近三年實踐看，存在以下兩個問題：一是目標價格的制定更加困難。這三年棉花目標價格的制定并沒有完全按照政策設計的“生產成本+基本收益”確定，最終都是不同部門、不同利益主體博弈的結果。由于不同主體、不同部門利益訴求不同，政策觀點不一致，對產業發展認識也不同，各方意見分歧越來越大，導致目標價格的制定越來越難。因此，盡管新疆多次反映希望盡早制定和公布棉花目標價格，以便地方政府和廣大棉農提早做好生產決策和準備工作，但由于決策機制的問題目標價格往往難產，每次都在當年的4月初左右才能最終確定公布。二是市場主體對目標價格水平預期不明。
2014-2016年，盡管棉花生產成本在增長，但棉花目標價格持續下調，未來是否還會繼續下調擬或如何變動都無法明確，不利于市場主體生產決策。內地定額補貼效果不明顯。試點期間，內地九省均按照棉花種植面積發放定額補貼。從實際執行情況看，補貼效果較差。一是為簡化操作，一些省直接按照二輪土地承包面積或良種補貼面積發放補貼，農民不管種不種棉花都能領到補貼，沒有實現補貼初衷，農民對此意見較大，尤其大戶。二是補貼標準偏低，難以激發農戶植棉積極性。相對于新疆，內地棉農補貼標準只有新疆的1/3，農戶植棉效益偏低。受此影響，內地植棉面積和產量大幅下滑。據國家統計局統計，2015年內地棉花面積和產量為2842萬畝和210.3萬噸，分別比2013年降1099.5萬畝和67.8萬噸，降27.9%和24.4%。
