從政策目標上看，棉花收儲與目標價格補貼制度是一樣的，都是為了保護棉農的種植積極性和收入水平。兩者不同點在于，目標價格補貼制度的副作用更小，也更實在。
當棉花價格走低，影響了棉農的種植積極性時，目標價格補貼制度下，只需要政府掏錢給農民即可，農民自己會算賬，繼續種棉花合不合適。
與目標價格補貼制度的精確和相對獨立比較，棉花收儲制度的影響環節更多，對市場本身的運行沖擊更大，而對于保護棉農收入這一政策目標的實現，卻需要更多轉換過程。
在棉花收儲制度下，如果棉花價格走低，低到政府認為會影響棉花種植的穩定性時，政府指定的棉花收儲企業會進入市場托市收購。在理想狀態下，有收儲企業托市，其他棉花購買者也會跟著把價格調高，農民積極性和收入得到保護。
但是在實際運行中，收儲卻變成了“獨家”收購，收儲企業敞開收購，紡織廠等用棉企業并不跟隨調價。用棉企業更加迫切追求的是國際市場低價棉花。棉花國內價格變成了收儲價格，一不小心政府再次成了價格制定者。
其實，在對弱勢產業的政府補貼制度中，一直存在“補人頭”還是“補磚頭”的爭論。所謂“補人頭”，就是誰受損誰獲得補貼；“補磚頭”則是政府把補貼給了市場機構，并要求其貫徹政府的保護意圖，某種情況下意味著補成了蓋儲棉倉庫的磚頭。這兩種做法都存在，“補人頭”的做法如糧食種植的直補，“補磚頭”的做法如某些地區在住房政策中所做的那樣，給開發商各種減免，以換取其低價售房，兩種政策的運行效果，顯而易見。
